Se dio entre los años de 1899 y 1902, ha sido conocido como el conflicto bélico más devastador de la historia de Colombia, se da finalizando un sangriento siglo XIX por los constantes enfrentamientos que se dieron a lo largo del territorio e iniciando un siglo XX inicialmente acaparado por las fuerzas conservadoras, y es que sí, el eje principal (no el único) se da por el enfrentamiento entre las dos grandes vertientes políticas y de pensamiento de la época, los conservadores contra los liberales.
Santander fue un escenario muy decisivo en la historia del país para finales del siglo XIX y es que hay que recordar que el estado soberano de Santander fue el núcleo de la actividad liberal del país, pero también fue aquí donde se impulsó el cultivo de Café para exportación, para 1874 el 90% de las exportaciones del café colombiano eran de Santander, en 1900 aún eran importantes con el 60%.
Una de las primeras batallas libradas dentro de este enfrentamiento es la que se da en la ciudad de Bucaramanga y es conocida como la batalla de la puerta del sol (11 y 13 noviembre 1899), a quienes habitan la ciudad, o la conocen, identificarán el lugar ya que es un referente muy importante, su nombre se sigue manteniendo tal cual, incluso en ese punto se encuentra ubicado un restaurante de comida típica santandereana muy conocido. Continuando con el carácter más sangriento de la puerta del sol, deja como saldo 1000 muertos y 500 heridos, otorgando el triunfo al general Vicente Villamizar y sus hombres quienes defendían la ciudad de las tropas liberales del general Rafael Uribe Uribe que intentaban tomarla por las armas.
Esta derrota no finalizó con la guerra, ya que tan sólo iniciaba. Un año más tarde, la guerra logró su punto más crítico en la batalla de palonegro (11 y el 26 de mayo de 1900) punto cercano a la ciudad de Bucaramanga, es en la zona donde actualmente se encuentra el aeropuerto de la ciudad, allí las fuerzas liberales sufrieron otra dolorosa derrota, pero los muertos y heridos eran de ambos bandos, dejando un saldo total de 4300 bajas. El final de la guerra se daría hasta dos años después de este desafortunado hecho, continuaron las acciones bélicas por todo el país aumentando los saldos de fallecidos, estableciendo una hegemonía conservadora y profundizando la crisis económica que se vivía, complicándose aún más al año siguiente (3 noviembre 1903) con la separación de Panamá.